インボイス経過措置が7割控除へ変わる前の確認点

この記事で分かること

• 2026年10月1日から変更されるインボイス経過措置の内容と切り替え時期
• 「日付単位」と「課税期間単位」で切り替わる制度の注意点
• 経理システムの運用で見えてきた、制度変更時に生じやすい不具合と確認手順

2026年10月1日から、8割控除が7割控除に変わります

国税庁は、令和8年度税制改正の内容を特設ページで公開しています。適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れには、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置が設けられています。この控除割合が見直されることになりました（国税庁「令和8年度税制改正特集」）。

改正前は、8割控除が2026年9月末で終了する予定でした。その後は3年間にわたり、5割控除へ引き下げられる想定でした。改正後は7割控除が新設され、経過措置の適用期限も2年延長されています。改定後のスケジュールは、国税庁のリーフレットで公表されています（インボイス制度に関する令和8年度税制改正について）。

今回の改正では、控除限度額も見直されました。一の適格請求書発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額が、その年またはその事業年度で1億円を超える場合の扱いです。超えた部分の課税仕入れには、この経過措置を適用できません。なお、改正前の基準額は10億円でした。

税負担を軽減する特例措置も変更されます。現行の2割特例は、令和8年9月30日までの日が属する課税期間で終了します（国税庁「2割特例 特設ページ」）。個人事業者については、令和9年分と令和10年分の申告に使える3割特例が新たに設けられました。

切り替わる単位が、項目ごとに異なります

この点は、実務において特に誤解が生じやすい部分です。

控除割合の判定は、課税仕入れを行った日付を基準とします。2026年9月30日までに行った課税仕入れは80%です。10月1日以降に行った課税仕入れは70%になります。自社の決算期は関係ありません。商品の仕入れであれば、引渡しがあった日ごとに判定していきます。

一方、1億円の控除限度額については適用時期に関する注記があります。こちらは、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。例えば3月決算の法人であれば、2027年4月に始まる事業年度からの適用となります。

このように、同じ改正でも日付で切り替わるものと課税期間で切り替わるものが混在しています。「10月1日からすべて変わる」と一括りで捉えると、誤りの原因になります。社内に周知する際は、この2つの基準を分けて伝えることが大切です。

9月と10月にまたがる取引にも注意が必要です。請求書の発行日ではなく、実際に課税仕入れを行った日付で判定します。月末締めの取引先が多い会社ほど、この整理作業に時間がかかります。

実務の現場で直面した課題

ここからは、経理の仕組みを構築・運用するなかで直面した事例をお伝えします。いずれも、仕様書や設定画面を確認するだけでは気づけない内容でした。

1. 「対応済み」とされた処理が、画面から操作できないケースがある

複数の事業会社を持つ企業グループで、経理基盤を点検した際の実例です。仕様書には、インボイスの経過措置に対応する処理が実装済みと記載されていました。プログラムを確認すると、処理そのものは確かに組み込まれていました。

しかし、その処理を呼び出す導線が画面側に用意されていませんでした。機能自体は存在するものの、担当者の画面操作からは利用できない状態です。この基盤では、権限を付与する機能でも同様の不整合が見つかりました。仕様書とプログラムだけを確認すると、どちらも実装済みに見えてしまいます。

確認方法はシンプルです。仕様書を鵜呑みにせず、実際の業務画面から1件処理を試してみることです。経過措置の対象となる仕入れを1件入力し、控除額が正しく計算されるかを確かめます。10月1日以降の日付を指定すれば、切り替え後の挙動も事前に確認できます。

2. 消費税の集計処理で、貸借を区別せず合算していた

同じ基盤において、消費税の集計処理に構造的な問題が見つかりました。税区分ごとに金額を合計する処理が、借方と貸方を区別せず合算していたのです。データの受け渡し定義そのものに、貸借を表す項目が存在していませんでした。

この設計では、返品や値引きの反対仕訳が課税標準を減らさずに増やしてしまいます。設定の修正だけで済む問題ではなく、データ構造そのものの見直しが必要でした。また、同じ点検の過程で、税抜経理と税込経理が社内で混在していることも判明しました。

控除割合が変更されると、消費税額の計算に対する関心も高まります。割合の設定を変更する前に、現状の集計が正確に行われているか確認しておくと安心です。返品や値引きが多い月の課税標準を、前月と比較してみると手軽に確認できます。

3. 日付が固定されていると、期限後に静かに不具合が起きる

別のシステムでは、自動テストが突然失敗する事態が発生しました。調査したところ、原因はプログラムの記述ミスではありませんでした。テスト内に判定日時が固定値で記述されており、その日付が過去になったことが原因でした。

このシステムには、一定期間を過ぎたデータを自動削除する処理が含まれていました。日付が経過したことで、テストに必要なデータまで削除対象に入ってしまったのです。削除処理は確率で実行されるため、テストの失敗も毎回ではありませんでした。コードを一切変更していないコミットだけが失敗し、事態の把握が難航しました。

制度の切り替えでも、これと同じ現象が起こり得ます。集計シートやマクロに「0.8」や「80%」が直接書き込まれている場合です。10月を過ぎても古い割合のまま計算が継続され、エラーも発生しません。その結果、気付かないうちに数値だけが静かにずれていきます。切り替え日をまたぐ処理は、未来の日付を設定して実際に動作を確認することが確実です。

9月中に実施できる確認リスト

大がかりな準備作業は必要ありません。次の順番に沿って、確認を進めることをおすすめします。

1. 適格請求書発行事業者以外の取引先を一覧にする 経過措置の対象は、これらの取引先との取引に限られます。該当する取引先が少なければ、影響範囲も限定されます。
2. 9月と10月にまたがる取引を洗い出す 納品日や引渡日を基準として、どちらの割合を適用するか事前に決めておきます。
3. 会計ソフトの経過措置設定を開き、10月以降の割合を確認する 日付によって自動で切り替わる仕様か、手動での変更が必要かを把握します。
4. 10月1日以後の日付で、対象の仕入れを1件テスト入力する 手計算の結果と照合することで、設定が正常に反映されているか確認できます。
5. 表計算ソフトやマクロを利用している場合、計算式内を検索する 数式の中に「0.8」や「80」が直接書かれていれば、そこが変更の対象です。
6. 2割特例を利用している場合、自社の課税期間の終了日を確認する 個人事業者の場合は、3割特例の対象になるかどうかも併せて確認します。
7. 外部委託先や顧問税理士と、割合の切り替え担当および実施時期を確認する 担当者が明確になっていない状態は、対応漏れを引き起こす最大の原因になります。

1から3までは、経理担当者だけで着手できる作業です。4以降の項目は、システム構築の担当者や委託先へ依頼して進めてください。

まとめ

インボイス制度の経過措置は、2026年10月1日から8割控除が7割控除に切り替わります。あわせて控除限度額の基準が1億円に引き下げられ、2割特例も所定の課税期間で終了します。

制度変更に伴う不具合は、システムエラーとして表面化しないケースが少なくありません。仕様書には対応済みと書かれ、処理が成功と表示されても、計算結果の数値だけがずれていきます。これを防ぐ確実な手段は、実際の画面から1件テスト入力を行い、手計算と突き合わせることです。

10月を迎えるまでの期間は、対象取引先を把握し、設定を確認してテストを行うのに十分な時間があります。割合の変更作業自体は小規模ですが、既存の集計処理が正しいかを見直す良い機会になります。日常業務を妨げることなく進められる準備ですので、ぜひ早めに確認を進めてみてください。

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